एनआयए ही केंद्रीय तपास यंत्रणा केंद्र सरकारच्या इशाऱ्यावर मालेगाव केस कमकुवत करू पहात असल्याचे दिसत आहे. एटीएस व राज्य सरकारची प्रतिमा मलिन करुन त्याचा फायदा उत्तर प्रदेशच्या निवडणुकीत व्हावा यासाठी एटीएस हिंदू विरोधी असल्याचे चित्र निर्माण केले जात आहे परंतु मालेगाव बॉम्बस्फोट प्रकरणी दोषींना कडक शासन होणे गरजेचे असल्याने या केसची निष्पक्ष सुनावणी व्हावी यासाठी सुनावणीवेळी एटीएसच्या अधिकाऱ्यांनी उपस्थित असणे गरजेचे आहे, अशी मागणी माजी मंत्री व प्रदेश काँग्रेस कमिटीचे कार्याध्यक्ष नसीम खान यांनी केली आहे.
नसीम खान यांनी एटीएस प्रमुखांची भेट घेऊन त्यांना एक निवेदन सादर केले. या निवेदनात नसीम खान म्हणतात, तत्कालीन एटीएस प्रमुख हेमंत करकरे यांनी २००८ साली झालेल्या मालेगाव बॉम्बस्फोट प्रकरणाचा तपास करून प्रज्ञा ठाकूर, कर्नल पुरोहित यांच्यासह अनेकांना अटक केली. हे प्रकरण एनआयएकडे दिल्यानंतर प्रज्ञा ठाकूर यांच्यावरील मकोका हटवण्यात आला व त्यांची निर्दोष सुटका व्हावी यासाठी खटाटोप सुरु केली आहे. या प्रकरणात २२३ साक्षीदार असून त्यातील १६ जणांनी साक्ष फिरवली आहे तर १०० साक्षीदारांच्या साक्षी अजून नोंदवल्या गेलेल्या नाहीत. या साक्षीदारांना संरक्षण देणे गरजेचे आहे. आरोपींच्या दबावाखाली येत साक्षीदार साक्ष फिरवत असल्याचे दिसत असून उत्तर प्रदेश निवडणुकीत याचा फायदा व्हावा यासाठी राज्य सरकार व एटीएसची प्रतिमा खराब करण्याचे काम केले जात आहे.
आरोपींना दिलासा मिळालेल्या कोणत्याच निर्णयाला एनआयएने उच्च न्यायालयात आव्हान दिलेले नाही यातून एनआयएची भूमिका संशयास्पद वाटते. एनआयएच्या विनंतीनंतरही एनआयए कोर्टाने प्रज्ञा ठाकूर यांना मुक्त केले नाही व खटला चालूच ठेवला आहे हे विशेष. आतापर्यत २२३ साक्षीदार तपासले गेले त्यातील १६ साक्षीदार उलटले. एटीएसने साक्षीसाठी छळ केल्याचे काही साक्षीदारांनी म्हटले आहे. हे साक्षीदार राज्य सरकार व एटीएसची प्रतिमा मलीन करत आहेत. राज्य सरकार व एटीएसवरील जनतेचा विश्वास कायम रहावा यासाठी या या प्रकरणात जे चौकशी अधिकारी होते त्यातील अधिकारी या केसच्या सुनावणीवेळी कोर्टात प्रत्येक सुनावणीसाठी पाठवावा, अशी मागणी करण्यात आली आहे.